Jak już wspominano wielokrotnie, leczenie dzieci z zaburzeniami lękowymi polega przede wszystkim na zastosowaniu metod psychoterapeutycznych. Niekiedy oddziaływania te skojarzone są z farmakoterapią, która powinna być zastosowana, jeśli nasilenie objawów i dyskomfort, jaki powodują, utrudnia funkcjonowanie dziecka. Wdrożenie farmakoterapii jest niezbędne, gdy zaburzeniom lękowym towarzyszy depresja oraz gdy podjęta psychoterapia nie przynosi wystarczających efektów.

Według autorów przytoczonych powyżej standardów NICE jest kilka zasad, które powinny charakteryzować profesjonalne leczenie zaburzeń lękowych u dzieci i młodzieży. Po pierwsze leczenie powinno być poprzedzone wnikliwą diagnozą, która określa obecność danego zaburzenia, jego nasilenie oraz poziom zaburzenia funkcjonowania. Po drugie leczenie powinno zaczynać się od metod najmniej inwazyjnych, a najbardziej skutecznych. Metody psychologiczne powinny poprzedzać zastosowanie farmakoterapii. Interwencjami stosowanymi w pierwszej kolejności powinny być monitoring stanu psychicznego i psychoedukacja.

Za najskuteczniejsze, według standardów NICE, uznawane są różne formy psychoterapii poznawczo‑behawioralnej. Efektywność tych oddziaływań, w zakresie ustąpienia objawów, szacowana jest na poziomie 50‑60% w chwili zakończenia procesu psychoterapii i zwiększa się do poziomu 70‑80% po upływie roku.

Rodzinne uwarunkowania powstawania zaburzeń lękowych oraz korzystny wpływ zaangażowania rodziny na przebieg terapii wskazują na znaczenie terapii rodzinnej w procesie leczenia dziecka.

Stosowana może być również terapia psychodynamiczna i psychoanalityczna, szczególnie u dzieci w młodszym wieku oraz u tych, których objawy nie mieszczą się jednoznacznie w kryteriach diagnostycznych.

W przypadku braku wystarczającej poprawy w funkcjonowaniu dziecka, pomimo zastosowania metod psychoterapeutycznych należy wdrożyć farmakoterapię.

Niezależnie od stosowanych metod leczenia należy dołożyć wszelkich starań, aby dziecko podczas procesu leczenia nie było odizolowane od środowiska szkolnego i rówieśniczego.