bg‑azure

Badania nad tRNA i rybosomami

Proces biosyntezy białekbiosynteza białkabiosyntezy białek, w którym biorą udział tRNAtRNAtRNA oraz rybosomy, jest bardzo złożony i nie został jeszcze całkowicie poznany – do tej pory prowadzone są nad nim badania. Najdokładniej zanalizowano budowę oraz funkcje tRNA i rybosomów w komórkach prokariotycznychProkaryota, organizmy prokariotyczneprokariotycznych, u bakterii Escherichia coli. Niewątpliwie u EukaryotaEukaryota, organizmy eukariotyczneEukaryota tRNA i rybosomy cechują się większą złożonością. Co ciekawe jednak, w organellach półautonomicznychorganelle półautonomiczneorganellach półautonomicznych komórek organizmów eukariotycznych rybosomy swoją strukturą bardziej przypominają te prokariotyczne.

bg‑azure

Budowa i funkcje cząsteczki tRNA

Transportujący kwas rybonukleinowy, czyli tRNA, zwany inaczej przenoszącym lub przenośnikowym, jest samodzielnie występującą molekułą występującą w cytoplazmie komórek oraz w organellach półautonomicznychorganelle półautonomiczneorganellach półautonomicznych. W cytoplazmie tRNA stanowi ok. 10 do 15% całkowitego RNA obecnego w komórkach. W porównaniu z innymi typami kwasów rybonukleinowych tRNA jest cząsteczką względnie małą, a jego masa cząsteczkowamasa cząsteczkowamasa cząsteczkowa wynosi średnio 25000 u.

W komórce tRNA spełnia dwie podstawowe funkcje, które są ściśle powiązane z procesem biosyntezy białekbiosynteza białkabiosyntezy białek:

  • rozpoznaje właściwy aminokwas na podstawie informacji zapisanej w kodzie genetycznym zawartym w mRNAmRNAmRNA, podczas interakcji tRNA oraz mRNA;

  • przenosi właściwy aminokwas do tworzonego łańcucha polipeptydowego, czyli białkowego.

Ciekawostka

W komórkach prokariotycznych występuje ok. 40 rodzajów tRNA, a w komórkach eukariotycznych – aż 60 rodzajów. Biorąc pod uwagę, że wyróżniamy 20 rodzajów aminokwasów, można wywnioskować, że istnieje kilka rodzajów tRNA transportujących taki sam aminokwas. Potwierdza to fakt, że kod genetyczny jest zdegenerowanyzdegenerowany kod genetycznyzdegenerowany – aminokwasy mogą być kodowane przez więcej niż jeden kodon.

Cząsteczka tRNA zbudowana jest z nukleotydów (od 63 do 94), składających się z cukru rybozy, reszty fosforanowej oraz zasady azotowej. Zasady azotowe występujące w RNA to: adenina (A), guanina (G), cytozyna (C) oraz uracyl (U). Każdy rodzaj nukleotydu zawiera jedną zasadę azotową, czyli są cztery rodzaje nukleotydów. W tRNA występują także modyfikowane nukleotydy zawierające inne zasady azotowe: pseudouracyl w pętli Tpsic i dihydroksyuracyl w pętli D.

Struktura tRNA przypomina kształtem czterolistną koniczynę: cząsteczkę tworzą cztery pętle, z których każda pełni inne funkcje.

RYgyguxxNArce
Pętla I Zwana inaczej pętlą D (ang. D loop). Jest to pętla dihydrourydynowa, która odgrywa rolę w procesie aminoacylacji, czyli przyłączania się aminokwasu do tRNA. Poprzez pętlę I następuje aktywacja enzymów uruchamiających ten proces. Zasadniczo jedna molekuła tRNA zawsze transportuje tylko jeden aminokwas., Pętla II Zwana inaczej pętlą antykodonową (ang. anticodon loop). W procesie biosyntezy białka oddziałuje bezpośrednio z mRNA. Zawiera trzy nukleotydy – tzw. antykodon – które łączą się na zasadzie komplementarności z trzema nukleotydami występującymi w mRNA – tzw. kodonem. W ten sposób odczytywana jest informacja o danym aminokwasie, który w określonej kolejności dołączy się w nowym łańcuchu polipeptydowym. Tylko właściwe dopasowanie nukleotydów na zasadzie kodon–antykodon spowoduje, że na dalszym etapie tego procesu zostanie włączony właściwy aminokwas transportowany przez dany tRNA., Pętla III Zwana ramieniem zmiennym (ang. variable loop). Charakteryzuje się zmienną wielkością i jest dynamiczna strukturalnie. Pełni funkcje pomocnicze., Pętla IV Zwana pętlą TψC (ang. TψC loop). Jest to pętla pseudourydynowa – zawiera pseudourydynę, powstającą w wyniku potranskrypcyjnej modyfikacji chemicznej uracylu. Jest miejscem łączenia się tRNA z rybosomem, czasowo unieruchamia tRNA podczas procesu biosyntezy białka.
R1DSwTpWSzVad
Cząsteczka tRNA złożona jest z czterech charakterystycznych pętli – są to formy przestrzenne jednoniciowego tRNA powstałe w wyniku sparowania nukleotydów wiązaniami wodorowymi u podstawy pętli. Reguła parowania nukleotydów w tRNA jest zgodna z zasadą komplementarności Watsona–Cricka.
Źródło: Englishsquare.pl Sp. z o.o., licencja: CC BY-SA 3.0.

W podstawie cząsteczki tRNA występują dwa charakterystyczne końce stabilizowane sparowanymi nukleotydami. Jeden koniec, dłuższy, oznacza się jako 3′ (czytaj: trzy prim), a drugi, krótszy – jako 5′ (pięć prim). Razem oba końce tworzą tzw. ramię akceptorowe. Na końcu 5′ występuje zawsze nukleotyd guaninowy, a na końcu 3′ – trzy nukleotydy z zasadami: cytozyną, cytozyną i adeniną (CCA). To właśnie do nukleotydu adeninowego przyłącza się procesie aminoacylacji aminokwas, który następnie jest transportowany przez tRNA w przebiegu biosyntezy białkabiosynteza białkabiosyntezy białka.

Cząsteczka tRNA w kształcie koniczyny nosi nazwę struktury drugorzędowej tRNA. Struktura pierwszorzędowa tRNA to łańcuch nukleotydów połączonych wiązaniami kowalencyjnymiwiązanie kowalencyjne (atomowe)wiązaniami kowalencyjnymi pomiędzy resztami fosforanowymi oraz cukrami. Struktura trzeciorzędowa tRNA to struktura drugorzędowa dodatkowo zwinięta przestrzennie w kształt litery L – umożliwia to wpasowanie się tRNA w strukturę rybosomu.

1
1
Ciekawostka

Francis Crick zwrócił uwagę na fakt, że istnieje pewne odstępstwo od parowania zasad azotowych budujących nukleotydy w momencie przyłączania się do kodonu cząsteczki mRNA antykodonu cząsteczki tRNA podczas translacji. Niektóre z cząsteczek tRNA mogą rozpoznawać więcej niż jeden rodzaj kodonu w cząsteczce mRNA. Według reguły tolerancji, nazwanej tak przez Cricka, zasada azotowa nukleotydu znajdująca się w trzeciej pozycji kodonu może się łączyć z zasadą azotową nukleotydu znajdującego się w trzeciej pozycji antykodonu niezgodnie z regułą komplementarności, np. U może łączyć się z A, ale także z G. Dlatego też kodony mRNA kodujące te same aminokwasy różnią się nukleotydem w pozycji trzeciej. Pozycja pierwsza i druga kodonu są takie same.

bg‑azure

Aminoacylo‑tRNA

Aminoacylo‑tRNAaminoacylo‑tRNAAminoacylo‑tRNA to tRNA, do którego został przyłączony aminokwas.

R1OJn1uNyFvli1
Model struktury drugorzędowej tRNA z dołączonym aminokwasem.
Źródło: Englishsquare.pl Sp. z o.o., licencja: CC BY-SA 3.0.

Proces przyłączenia się aminokwasu do tRNA nosi nazwę aminoacylacjiaminoacylacja tRNAaminoacylacji. Polega na przyłączeniu aminokwasu do nukleotydu adeninowego przy końcu 3′ przez wiązanie kowalencyjne typu estrowegowiązanie estroweestrowego.

R2QAIesMUwwHm
Aminoacylo‑tRNA – wzór strukturalny ostatniego nukleotydu i związanego wiązaniem estrowym aminokwasu.
Źródło: Scientific29, Wikimedia Commons, licencja: CC BY-SA 3.0.
bg‑azure

Budowa i funkcje rybosomów

Rybosomy to cząstki rybonukleoproteinowe, które są centrami produkcji białek zarówno w komórkach prokariotycznych, jak i eukariotycznych. W komórce eukariotycznej rybosomy występują w postaci wolnej (w cytoplazmie) bądź są przyłączone do cystern lub kanałów siateczki śródplazmatycznej. Rybosomy wolne występują również w organellach półautonomicznych.

Pod względem chemicznym rybosomy zbudowane są z kwasu rRNArRNArRNA (rybosomalnego RNA) oraz otaczających go białek rybosomalnych. Rybosomalny RNA ma złożoną strukturę przestrzenną zawierającą wiele krótkich fragmentów dwuniciowych sparowanych zgodnie z zasadą komplementarności. Pełni funkcję nie tylko budulcową – wchodząc w skład rybosomów jest rybozymem, który katalizuje powstawanie wiązań peptydowych – uczestniczy zatem w syntezie białek. Rybosomy mają lekko elipsoidalny kształt i średnie wymiary 20 × 30 nm. Zbudowane są z dwóch dopasowanych podjednostek: małejdużej. Łączą się one w kompletny rybosom w obecności jonów magnezu (MgIndeks górny 2+), które są niezbędne do stabilizacji jego przestrzennej struktury – ich brak powoduje rozdzielenie podjednostek.

R1Tbrsmtd23nc
Model rybosomu w powiększeniu; 200 angstremów odpowiada 20 nm. Mała podjednostka rybosomu oznaczona jest kolorem niebieskim, a duża – czerwonym.
Źródło: Wikimedia Commons, licencja: CC BY 3.0.
Ciekawostka

Liczebność rybosomów w komórkach jest ściśle uzależniona od intensywności procesu biosyntezy białekbiosynteza białkabiosyntezy białek. Na przykład rybosomy w komórkach bakterii Escherichia coli mogą stanowić do 30% jej masy, a w komórkach królika – do 50% masy komórki. W jednej komórce ssaków może znajdować się aż 10 mln rybosomów. W komórkach mocno aktywnych metabolicznie rybosomy najczęściej przyłączone są do siateczki śródplazmatycznej.

RfF06DIGXUivC
Rybosomy mogą występować w formie wolnej, a także związanej z mRNA. Wiele rybosomów związanych z jedną cząsteczką mRNA tworzy tzw. polisom. Taka struktura zwiększa wydajność produkcji białka.
Źródło: Englishsquare.pl Sp. z o. o., licencja: CC BY-SA 3.0.
R1H4aeMIAD4rY1
Ilustracja przedstawia biosyntezę białka cząsteczki rRNA. Na rysunku widoczne są dwie podjednostki rybosomu. Na dużej podjednostce rybosomu znajdują się oznaczenia E, P, A. Pomiędzy dużą podjednostką rybosomu o nieforemnym, kulistym kształcie a małą podjednostką rybosomu o podobnym kształcie znajduje się łańcuch mRNA. Ma on postać wstęgi z wypustkami. Na łańcuchu mRNA znajdują się zasady azotowe, które są rozmieszczone w określonej kolejności: G, A, G, A, U, G, U, G, G, U, U, C, G, A G. Nad rybosomem znajdują się antykodony z zasadami azotowymi. Mają one postać gromady niebieskich kulek. Jeden z nich przedstawia sekwencję zasad U, A C. Drugi sekwencję A, C, C. Trzeci sekwencję A, A, G. Antykodon będzie się łączył swoimi zasadami azotowymi z właściwymi zadami azotowymi umiejscowionymi na łańcuchu mRNA. np. Antykodon z zestawem zasad A, C, C przyłączy się do łańcucha mRNA w miejscu, gdzie znajduje się zestaw zasad U, G, G. Do antykodonu A, C, C przyczepiony jest polipeptyd. Ma on postać łańcucha składającego się z różnych form geometrycznych czerwonych, zielonych i żółtych. Są to różne aminokwasy.
W trakcie biosyntezy białka cząsteczki rRNA małej podjednostki rybosomu oddziałują z mRNA, natomiast cząsteczki rRNA dużej podjednostki oddziałują z tRNA.
Źródło: Englishsquare.pl Sp. z o.o., licencja: CC BY-SA 3.0.

W dużej podjednostce rybosomu znajdują się trzy miejsca wiążące tRNA: miejsce P (peptydylowe lub donatorowe), miejsce A (akceptorowe) oraz miejsce E (wyjściowe). W miejscu A przyłącza się aminoacylo‑tRNA, który niesie pojedynczy aminokwas do tworzącego się łańcucha białkowego. W miejscu P przyłączony jest tzw. inicjatorowy tRNA oraz peptydylo‑tRNA – jest to miejsce wydłużania się (inaczej: elongacji) nowo tworzonego łańcucha polipeptydydowego. W miejscu E znajduje się tRNA, który oddał aminokwas i opuszcza strukturę rybosomu.

bg‑azure

Rybosomy eukariotyczne a rybosomy prokariotyczne

Rybosomy organizmów prokariotycznych oraz eukariotycznych różnią się od siebie, mają też jednak cechy wspólne, takie jak: występowanie dwóch podjednostek, elipsoidalny kształt oraz obecność przerwy między podjednostkami, w którą wpasowuje się mRNA. Cechy różniące oba typy rybosomów to: wymiar całkowity rybosomów, rozmiar podjednostek, typ białek i rRNA budujących rybosomy oraz stosunek ilościowy RNA i białek.

Cecha

Rybosom prokariotyczny

Rybosom eukariotyczny

Typ rRNA (współczynnik sedymentacji Swspółczynnik sedymentacji Svedberga (S)współczynnik sedymentacji S)

5 S, 16 S, 23 S

5 S, 5,8 S, 18 S, 28 S

Stosunek RNA : białko

2 : 1

1 : 1

Współczynnik sedymentacji Swspółczynnik sedymentacji Svedberga (S)Współczynnik sedymentacji S kompletnego rybosomu

70 S

80 S

Współczynnik sedymentacji S podjednostek rybosomów

mała: 30 S
duża: 50 S

mała: 40 S
duża: 60 S

Średnica

21–29 nm

22–32 nm

Słownik

aminoacylacja tRNA
aminoacylacja tRNA

proces, w którym aminokwas zostaje przyłączony do tRNA; reakcja ta jest katalizowana przez enzymy syntetazy i wymaga użycia energii w postaci ATP

aminoacylo‑tRNA
aminoacylo‑tRNA

tRNA zawierający aminokwas przyłączony w procesie aminoacylacji

biosynteza białka
biosynteza białka

proces polegający na wytworzeniu cząsteczki łańcucha polipeptydowego białka

Eukaryota, organizmy eukariotyczne
Eukaryota, organizmy eukariotyczne

organizmy w większości wielokomórkowe, zbudowane z komórek zawierających jądro komórkowe

masa cząsteczkowa
masa cząsteczkowa

masa cząsteczki wyrażona w atomowych jednostkach masy (u); masa cząsteczkowa jako wielkość bezwymiarowa to wielokrotność 112 masy atomu izotopu węgla Indeks górny 12C; w układzie SI jednostką masy cząsteczkowej jest 1 kg

mRNA
mRNA

matrycowy kwas rybonukleinowy; w procesie translacji stanowi matrycę zawierającą informację o sekwencji aminokwasów w białku

organelle półautonomiczne
organelle półautonomiczne

mitochondria i plastydy; organelle te mają własne DNA oraz rybosomy i są zdolne do prowadzenia procesu biosyntezy białek niezależnie od jądra komórkowego

polisom (polirybosom)
polisom (polirybosom)

struktura złożona z jednej cząsteczki mRNA oraz wielu rybosomów; zespół ten przypomina nić z nanizanymi na nią koralikami; uczestniczy w syntezie polipeptydów

Prokaryota, organizmy prokariotyczne
Prokaryota, organizmy prokariotyczne

organizmy w większości jednokomórkowe, których komórka nie zawiera jądra komórkowego oraz organelli komórkowych typowych dla organizmów eukariotycznych

rRNA
rRNA

ribosomal RNA) rybosomalny kwas rybonukleinowy, katalizuje syntezę białka

tRNA
tRNA

transfer RNA) transportujący (transferowy); również: przenoszący lub przenośnikowy) kwas rybonukleinowy, pośredniczący w przyłączaniu kolejnych aminokwasów w procesie biosyntezy białka

trójkowy kod genetyczny
trójkowy kod genetyczny

polega na tym, że trzy leżące obok siebie nukleotydy tworzą kodon, który koduje określony aminokwas podczas biosyntezy białka

wiązanie estrowe
wiązanie estrowe

wiązanie kowalencyjne powstające między grupą hydroksylową (–OH) a grupą karboksylową (–COOH)

wiązanie kowalencyjne (atomowe)
wiązanie kowalencyjne (atomowe)

wiązanie chemiczne powstające przez uwspólnienie pary elektronów pochodzących od obu atomów tworzących to wiązanie

współczynnik sedymentacji Svedberga (S)
współczynnik sedymentacji Svedberga (S)

współczynnik określający szybkość poruszania się cząstek koloidalnych pod wpływem sił odśrodkowych

zasada komplementarności Watsona–Cricka
zasada komplementarności Watsona–Cricka

zasada mówiąca, że cytozyna (C) łączy się zawsze z guaniną (G) trzema wiązaniami wodorowymi, a adenina (A) łączy się dwoma wiązaniami wodorowymi z uracylem (U) w kwasie RNA, natomiast w kwasie DNA z tyminą (T)

zdegenerowany kod genetyczny
zdegenerowany kod genetyczny

polega na kodowaniu tego samego aminokwasu przez więcej niż jeden kodon; maksymalna liczba kombinacji trójek utworzona z czterech nukleotydów budujących kwasy nukleinowe wynosi 64 (4Indeks górny 3 = 64); aminokwasów budujących białka jest tylko 20, stąd większość aminokwasów kodowanych jest przez więcej niż jedną trójkę (jeden kodon); spośród 64 kodonów trzy kodony stanowią sygnał STOP dla procesu translacji, a 61 koduje aminokwasy