Ustalenie genotypugenotypgenotypu osobników wykazujących cechy recesywne nie jest skomplikowane, ponieważ wiadomo, że są one homozygotamihomozygotahomozygotami recesywnymi (małe a małe a).  Trudno natomiast jednoznacznie określić genotypy osobników przejawiających cechy dominujące, gdy wykazują one dominację zupełnądominacja zupełnadominację zupełną. Nie wiadomo, czy osobnik o dominującej cesze fenotypu jest homozygotą dominującą (duże A duże A) czy heterozygotąheterozygotaheterozygotą (duże A małe a).

Ubarwienie świnek morskich jest determinowane przez gen, którego allelallelallel dominujący duże B warunkuje czarne zabarwienie futra, natomiast allel recesywny małe b – brązowe. Wszystkie osobniki o przynajmniej jednym allelu dominującym duże B są czarne – jest to przykład dominacji zupełnej. Czarna świnka może więc być homozygotą dominującą lub heterozygotą. Żeby określić jej genotyp, należy skrzyżować świnkę o czarnym futrze ze świnką o brązowym futrze (będącą homozygotą recesywną).

Jeżeli po skrzyżowaniu osobnika czarnego z brązowym urodziły się cztery młode: dwa brązowe i dwa czarne, oznacza to, że dwie świnki mają genotyp małe b małe b, a dwie duże B małe b. Żadna z nich nie ma genotypu duże B duże B, ponieważ jedno z ich rodziców to homozygota recesywna małe b małe b. Skoro potomstwo ma genotypy duże B małe b i małe b małe b, to badany osobnik jest heterozygotą duże B małe b – połowa jego gamet niosła allel dominujący duże B, a druga – recesywny małe b.

Jeżeli natomiast po skrzyżowaniu osobnika czarnego z brązowym urodziłyby się cztery świnki morskie i wszystkie byłyby czarne, oznaczałoby to, że wszystkie mają w swoim genotypie allel dominujący duże B. Jedno z rodziców przekazało im wyłącznie gamety z allelem recesywnym małe b, a badany osobnik – gamety z allelem dominującym duże B. Genotypy każdego potomka to zatem duże B małe b, a badanego rodzica, który jest homozygotą dominującą – duże B duże B.

Oprócz krzyżówek jednogenowych wykonuje się także krzyżówki dwugenowe. Pozwalają one sprawdzić genotyp jednego z osobników rodzicielskich pod względem dwóch par genów. Aby wykonać taką krzyżówkę, należy skrzyżować osobnika o dominującym fenotypie z homozygotą recesywną. Na przykład nasiona grochu mogą być żółte lub zielone oraz gładkie lub pomarszczone. Za żółty kolor odpowiada allel dominujący duże A, z kolei za gładką powierzchnię nasion – allel dominujący duże B. Jeżeli w pokoleniu FIndeks dolny 1  Indeks dolny koniec₁ pojawią się wyłącznie osobniki o nasionach żółtych i gładkich, będzie to oznaczać, że badany osobnik był podwójną homozygotą dominującą i wytworzył wyłącznie gamety o genotypie duże A duże B.

Jeśli z kolei w pokoleniu FIndeks dolny 1  Indeks dolny koniec₁ pojawią się osobniki o nasionach żółtych i gładkich, żółtych i pomarszczonych, zielonych i gładkich oraz zielonych i pomarszczonych w stosunku 1 : 1 : 1 : 1, będzie to oznaczać, że testowany osobnik jest podwójną heterozygotą o genotypie duże A małe a duże B małe b.