W przypadku niektórych genów (np. warunkujących powstanie antygenów duże M i duże N na ludzkich krwinkach) allele są równoważne. Zjawisko to określa się mianem kodominacji. Potomstwo otrzymane ze skrzyżowania homozygot dwa duże M i dwa duże N będzie miało w swoim genotypie zarówno allel duże M, jak i duże N, więc będą to heterozygoty.

Czasem mamy też do czynienia z obecnością alleli wielokrotnych. Jest to sytuacja, w której w populacji występują więcej niż dwa allele danego genu. Co oczywiste, pojedynczy osobnik może ich mieć maksymalnie dwa. Przykładem takiej sytuacji są grupy krwi u ludzi. Allel duże I indeks górny duże A koniec indeksu warunkuje wystąpienie na krwince antygenu A, kodominujący z nim allel duże I indeks górny duże B koniec indeksu antygenu duże B, a recesywny allel małe i – brak syntezy tych antygenów. Ludzie o grupie krwi 0 mają zatem zawsze genotyp dwa małe i, ludzie z grupą A mają genotyp duże I indeks górny duże A koniec indeksu duże I indeks górny duże A koniec indeksu lub duże I indeks górny duże A koniec indeksu małe i (i analogicznie w przypadku grupy B: mają genotyp duże I indeks górny duże B koniec indeksu duże I indeks górny duże B koniec indeksu lub duże I indeks górny duże B  koniec indeksu małe i), z kolei występowanie alleli duże I indeks górny duże A koniec indeksu duże I indeks górny duże B koniec indeksuI warunkuje grupę AB (co jest także przykładem kodominacji).

Przykładem mogą być geny warunkujące barwę skóry człowieka. Załóżmy, że odcień skóry determinowany jest przez trzy pary niezależnych genów. Allele dominujące (duże A, duże B, duże C) warunkują ciemne zabarwienie skóry (każdy allel zwiększa natężenie cechy w takim samym stopniu). Stąd im więcej dominujących alleli, tym skóra jest ciemniejsza.

Zdjęcie przedstawia cztery splecione ze sobą dłonie - każda o innym kolorze skóry - ciemnobrązowym, jasnobrązowym, żółtawym i bardzo jasnym.

Osoby czarnoskóre mają zestaw alleli duże A duże A duże B duże B duże C duże C, osoby o bardzo jasnej skórze – małe a małe a małe b małe b małe c małe c, a osoby o różnych pośrednich odcieniach – rozmaite kombinacje. Mówi się wtedy o wyrazistych cechach – im więcej alleli dominujących w genotypie danego osobnika, tym bardziej wyrazista jest cecha w jego fenotypie.

Przykładem może być wytwarzanie antocyjanówantocyjanyantocyjanów przez rośliny (np. przez groszek pachnący – Lathyrus odoratus) o kwiatach czerwonych. Ich prekursoryprekursorprekursory są bezbarwne, a do przekształcenia ich w barwną postać potrzebne jest działanie dwóch enzymów. Aby powstały kolorowe kwiaty, dany osobnik musi mieć dominujący allel duże A, warunkujący wytworzenie pierwszego z nich. To jednak za mało, ponieważ pierwszy enzym przekształca prekursor w związek pośredni, który także jest bezbarwny. Konieczna jest zatem jednoczesna obecność w genotypie tego osobnika dominującego allelu duże B, który odpowiada za wytworzenie drugiego enzymu. Dopiero on przekształca związek pośredni w kolorowy barwnik. Osobniki mające dominujący allel tylko jednego z tych genów lub niemające żadnego z nich nie mogą wytworzyć antocyjanów. W przypadku skrzyżowania biało kwitnących odmian groszku pachnącego o genotypie małe a małe a duże B duże B oraz duże A duże A małe b małe b w pokoleniu F1 otrzymano wyłącznie czerwono kwitnące rośliny (podwójne heterozygoty), a w kolejnym pokoleniu F2 rośliny o kwiatach czerwonych i białych w stosunku 9 : 7.

Przykładem takiego nieallelicznego współdziałania genów jest dziedziczenie kształtu grzebienia u kogutów (kura domowa (Gallus gallus domesticus)), na który wpływają dwa różne geny. Allel duże P warunkuje powstawanie grzebienia groszkowego, allel małe p – pojedynczego, a druga niezależna para alleli warunkuje powstawanie grzebienia różyczkowego duże R lub pojedynczego małe r. Jeżeli skrzyżujemy osobnika posiadającego grzebień groszkowy z osobnikiem posiadającym genotyp grzebienia różyczkowego otrzymamy nowy fenotyp – grzebień orzeszkowy. Taki właśnie fenotyp występuje u osobników mających w swoim genotypie przynajmniej jeden dominujący allel duże R i duże P.

Allele warunkujące typ wytwarzanego pigmentu oznaczamy literami: duże A – pigment czarny, dominujący oraz małe a – brązowy, recesywny. Natomiast allele odpowiedzialne za rozmieszczenie pigmentu we włosie oznaczamy literami duże C – normalna pigmentacja oraz dwa małe c – epistatyczny allel blokujący działanie alleli duże A, małe a. Allel epistatyczny jest recesywny, w związku z czym ujawnia się tylko u homozygot (dwa duże c), dając biszkoptową barwę włosa, niezależnie od pary duże A, małe a.