bg‑orange

Przebieg replikacji DNA

RzfsN7dmnqc9e
Schemat semikonserwatywnej replikacji DNA. Podczas replikacji oba łańcuchy DNA to matryce do syntezy nowych łańcuchów. Nukleotydy są do nich dobudowane zgodnie z regułą komplementarności zasad, co umożliwia powstanie nowych, identycznych cząsteczek DNA. Obie zawierają jedną nić starą i jedną nową, dlatego replikację DNA określa się jako semikonserwatywną (półzachowawczą).
Źródło: Englishsquare.pl Sp. z o.o., licencja: CC BY-SA 3.0.

Pierwszym etapem replikacji jest rozplecenie nici DNA − u prokariontówprokariotaprokariontów następuje ono w jednym miejscu, a u eukariontóweukariotaeukariontów w wielu miejscach naraz − są to tzw. miejsca inicjacji replikacji, zwane też miejscami ori. W wyniku tego procesu powstaje tzw. oczko replikacyjne (replikonreplikonreplikon, bąbel replikacyjny) ograniczone po obu stronach widełkami replikacyjnymi − miejscami, gdzie helisa zostaje rozdzielona na dwie nici. W inicjacji replikacji bierze udział kompleks białek − replisomreplisomreplisom.

Podczas replikacji widełki przesuwają się w przeciwne strony aż do zakończenia replikacji lub napotkania następnego oczka replikacyjnego. W tym czasie odpowiednie enzymy, zwane polimerazami DNApolimeraza DNApolimerazami DNA, syntezują nici komplementarne do pojedynczych nici macierzystych. Na obu niciach proces ten zachodzi inaczej. Ponieważ synteza DNA przebiega wyłącznie w kierunku od 5’ do 3’, na jednej nici (wiodącej) odbywa się ona w sposób ciągły, a na drugiej (opóźnionej) przez syntezę „pod prąd” krótkich odcinków (zwanych fragmentami Okazaki), które następnie ulegają połączeniu.

RpvKduKGXF1kI1
Schemat rozpoczęcia replikacji DNA.
Źródło: Englishsquare.pl Sp. z o.o., licencja: CC BY-SA 3.0.

Proces replikacji nie zależy wyłącznie od polimeraz DNA, są one elementem złożonego kompleksu wielu białek − replisomu. Białka budujące replisom dzieli się – ze względu na pełnione funkcje – na:

polimerazy DNA

syntetyzują nowe nici DNA

helikazy

rozplatają nici podwójnej helisy DNA

białka SSB

stabilizują pojedyncze nici DNA

topoizomerazy

likwidują naprężenia powstałe podczas rozplatania nici DNA

prymazy

syntetyzują starterystarterstartery, zwane także primerami

ligazy DNA

łączą fragmenty Okazaki

Startery są krótkimi odcinkami RNA tworzonymi przed syntezą nowego odcinka DNA. Ich synteza jest konieczna, ponieważ polimerazy DNA nie mogą rozpoczynać syntezy DNA na jednoniciowej matrycy – polimeraza DNA katalizuje wiązanie nukleotydu do już istniejącego fragmentu nici z wolnym końcem 3’. Startery są następnie wycinane, a powstałe w ten sposób luki również uzupełniane są przez polimerazę DNA. Po skopiowaniu całego DNA replikacja kończy się.

Podczas replikacji DNA działa także złożony system kontroli i naprawy jej błędów.  Polega on na usuwaniu niewłaściwych nukleotydów i wstawianiu w ich miejsce prawidłowych. Polimeraza DNA ma zdolność naprawy błędu przy wydłużaniu się łańcucha DNA. Dzięki temu liczba błędów podczas replikacji jest minimalna: to jeden mylnie wstawiony nukleotyd na 100 mln umiejscowionych poprawnie. Jeżeli polimeraza nie zdoła naprawić błędu, dochodzi do mutacji.

R1Kd1wIoIN4d01
Schemat przebiegu replikacji DNA.
Źródło: Englishsquare.pl Sp. z o.o., licencja: CC BY-SA 3.0.

Po usunięciu ostatniego startera na końcu opóźnionej nici polimeraza DNA nie dobudowuje brakującego fragmentu. Z tego powodu cząsteczki DNA podczas replikacji ulegają skróceniu. Za odbudowanie końców cząsteczek DNA odpowiada enzym telomerazatelomerazatelomeraza.

bg‑gray2
Ciekawostka
R18iAQyKuqBSp1
Źródło: WJ foto, domena publiczna.

Telomerowa teoria starzenia się zakłada, że proces ten ma związek ze skracaniem się telomerów. Telomeraza nie jest aktywna w starszych komórkach, co powoduje stopniowe skracanie chromosomów.

Słownik

eukariota
eukariota

grupa organizmów zawierających jądro komórkowe

helikazy
helikazy

inaczej helikazy DNA i RNA, enzymy rozplatające podwójną helisę DNA lub RNA – dwuniciową strukturę utrzymywaną przez wiązania wodorowe komplementarnych zasad azotowych (tj. adeniny z tyminą albo uracylem oraz cytozyny z guaniną)

polimeraza DNA
polimeraza DNA

enzym katalizujący syntezę DNA w czasie replikacji. Syntetyzuje nową nić polinukleotydową, komplementarną do nici macierzystej powielanej cząsteczki DNA

prokariota
prokariota

organizmy, których komórki nie zawierają jądra komórkowego oraz innych organelli otoczonych błonami

replikacja 
replikacja 

podwajanie się łańcucha DNA w jądrze komórkowym, będące podstawą przekazywania identycznej informacji genetycznej kolejnym komórkom

replikon
replikon

jednostka replikacji, odcinek DNA zdolny do autonomicznego podwajania się (replikowania) w komórkach

replisom
replisom

inaczej prymosom, kompleks białkowy rozpoczynający i kontynuujący replikację DNA przez rozwijanie widełek replikacyjnych

starter
starter

ang. primer, krótki, jednoniciowy oligonukleotyd komplementarny do jednej z nici DNA, który w procesie replikacji DNA dostarcza wolnej grupy 3’-OH. Od niej zależna od DNA polimeraza DNA może rozpocząć syntezę nowej nici

telomeraza
telomeraza

enzym, który dzięki zawartości fragmentu RNA umożliwia odbudowę DNA telomeru

telomery
telomery

gr. télos – koniec, méros – część, końce chromosomów eukariotycznych. Zawierają krótkie, wielokrotnie powtarzane sekwencje DNA i charakterystyczne dla telomerów białka. Są niezbędne do prawidłowego funkcjonowania chromosomów w trakcie cyklu komórkowego. Stabilizują i zabezpieczają DNA podczas podziałów komórkowych

topoizomerazy
topoizomerazy

klasa enzymów odpowiedzialnych za konformację podwójnej helisy DNA regulujących stopień skręcenia podwójnej helisy