Genom eukariotyczny ma znacznie bardziej skomplikowaną budowę od genomu prokariotycznego. Wymusza to zaangażowanie większej liczby mechanizmów regulacji ekspresji genów, w celu precyzyjnej kontroli, które z genów ulegną ekspresji w poszczególnych komórkach rozwijającego się, a następnie dojrzałego organizmu. Ocenia się, że jedynie 15% genów z całego genomu danej komórki ulega transkrypcji, podczas gdy pozostałe są wyłączone. W komórkach eukariotycznych większość genów podlega kontroli niezależnie od innych, a takie ich wybiórcze transkrybowanie powoduje różnicowanie się komórek w różne typy, mimo że wszystkie pochodzą od tej samej zapłodnionej komórki jajowej.