Model 3D przedstawia trójwymiarową budowę mitochondrium. Numerem pierwszym oznaczono grzebienie mitochondrium. Wpuklenia błony wewnętrznej, w które wbudowane są systemy białek przenośnikowych uczestniczących w transporcie elektronów i protonów oraz białka enzymatyczne uczestniczące w syntezie ATP. Numerem drugim oznaczono błonę wewnętrzną. Błona tworzy charakterystyczne wpuklenia, zwane grzebieniami mitochondrialnymi. Z uwagi na ich kształt. Błona wysoce selektywna, nieprzepuszczalna dla większości substancji. Transport związków chemicznych przez błonę wewnętrzną wymaga obecności specjalnych białek przenośnikowych. Kolejnym elementem modelu jest matriks. Macierz mitochondrialna wypełnia wnętrze mitochondrium. Zawieszone są w niej koliste cząsteczki DNA mitochondrialnego i liczne rybosomy. Stanowi przedział wewnętrzny organelli. Zawiera enzymy uczestniczące w rozkładzie substancji pokarmowych i enzymy uczestniczące w ekspresji mitochondrialnej informacji genetycznej. Numerem czwartym oznaczono rybosomy mitochondrialne. Są mniejsze od rybosomów występujących w cytozolu. Swoją budową przypominają rybosomy komórek prokariotycznych. Odpowiadają za syntezę części białek mitochondrialnych. Mają kulisty kształt i niebieski kolor. Na modelu oznaczono też DNA mitochondrialne (mtDNA) DNA mitochondrialne ma postać kolistej cząsteczki DNA. W jednej organelli znajduje się kilka cząsteczek mtDNA, w których jest zakodowana informacja o niektórych białkach uczestniczących w oddychaniu komórkowym. Struktura DNA mitochondrialnego przypomina budowę materiału genetycznego komórek prokariotycznych. Pozbawiona jest histonów i intronów. Numerem szóstym oznaczono błonę zewnętrzną mitochondium. To błona o gładkiej powierzchni, otaczająca mitochondrium z zewnątrz. Błona stosunkowo dobrze przepuszczalna dla różnego rodzaju substancji. Model mitochondrium jest koloru brązowego.