Może to być wpływ czynników zewnętrznych (np. zmiana intensywności promieniowania UV), niekiedy dzieje się to spontanicznie, bez wyraźnej przyczyny.

Bakterie lizogenne mogą charakteryzować się innymi, w porównaniu z bakteriami bez profaga, cechami. Mogą być bardziej zjadliwe, to znaczy, że mogą wydzielać chorobotwórcze toksyny. Przykładem może być laseczka jadu kiełbasianego (Clostridium botulinum). Jedynie szczep zawierający w swoim genomie profaga wydziela śmiertelnie niebezpieczną toksynę jadu kiełbasianego.

Na powierzchni wirusa znajdują się specyficzne białka (glikoproteiny) rozpoznające rodzaj infekowanej komórki, narządu czy w końcu gatunek zwierzęcia. Mamy wirusy, które mogą atakować wiele rodzajów komórek (np. wirus ospy), ale występują też wirusy skrajnie wyspecjalizowane i atakujące tylko jeden lub dwa rodzaje komórek (np. wirus HIV atakuje komórki układu odpornościowego).

Wirusy zwierzęce, których materiałem genetycznym jest DNA, rozpoznają receptory na powierzchni komórek, a glikoproteinowa osłonka pozwala im bezpiecznie wnikać do ich wnętrza. Osłonka łączy się z błoną komórkową, a kapsyd wnika do wnętrza komórki. Zostaje enzymatycznie rozłożony, a materiał genetyczny ulega uwolnieniu. Zmienia on metabolizm komórki. Informacja z DNA jest przepisywana (transkrybowana) na mRNA i w oparciu o ten kwas komórka zaczyna syntetyzować glikoproteiny osłonki wirusa, jej białka budulcowe i materiał genetyczny patogenu. Powstają nowe wirionywirionwiriony, które po odpączkowaniu z komórki żywiciela zostają otoczone glikoproteinami i są zdolne do infekcji kolejnych komórek.

Trochę inaczej przebiega to w przypadku wirusów zawierających RNA. We wnętrzu kapsydu tych wirusów znajduje się jeszcze enzym odwrotna transkryptaza, która umożliwia przepisanie informacji genetycznej z jednoniciowego wirusowego RNA na DNA. W ten sposób genom wirusa zostaje włączony do genomu komórek gospodarza i zostaje poddany replikacji.