Specjacja allopatryczna zachodzi wówczas, gdy pula genów gatunku wyjściowego dzieli się na skutek pojawienia się geograficznej bariery izolacyjnej. Oddzielenie od siebie populacji jednego gatunku przez barierę geograficzną uniemożliwia bowiem przepływ genów. Populacje nie mogą się ze sobą krzyżować, dlatego ich ewolucja zachodzi niezależnie. W efekcie prowadzi to do powstania nowych gatunków.