Bakterie występują we wszystkich środowiskach: suchym, wilgotnym, ciepłym i zimnym, niekiedy nawet w tych o skrajnych warunkach. Współżyją z innymi organizmami, zasiedlając ich skórę i jelita. Niektóre dzięki specjalnym enzymom potrafią przetrwać np. w gorących źródłach i kominach hydrotermalnych, znosząc wysoką temperaturę, inne – adaptując się do zasolenia czy otoczenia zasadowego. Bakteryjna termostabilna polimeraza DNA jest wykorzystywana przy badaniach DNA, np. przy ustalaniu ojcostwa.