Reakcja Kościoła katolickiego na postępy reformacji, czyli kontrreformacja, miała dwa oblicza: represyjne i reformatorskie. W ramach działań represyjnych starano się zdusić reformację tam, gdzie się pojawiła i zapobiec jej rozprzestrzenianiu się. Wśród instrumentów, jakimi posługiwano się w tej walce, znalazła się inkwizycja, od 1542 r. podporządkowana wyłącznie papieżowi za pośrednictwem kolegium sześciu kardynałów. Przekształcenie lokalnych trybunałów inkwizycyjnych z poszczególnych diecezji w jedną scentralizowaną instytucję było rozwiązaniem zrozumiałym w czasach, gdy niejeden biskup odstąpił od wiary katolickiej. Działalność inkwizycji stała się jednak przedmiotem mrożących krew w żyłach opisów, a kontrola sumień i prześladowanie za poglądy religijne do dziś bulwersują. Faktycznie jednak inkwizycja nie była aż tak krwawa, jak się często sądzi. Otoczona ponurą sławą jej hiszpańska gałąź w latach 1559–1700 wydawała ok. 1 tys. wyroków rocznie, z czego ok. 15% dotyczyło spraw obyczajowych, jak oskarżenia o bigamię czy cudzołóstwo. Tylko niewielki procent procesów kończył się wykonaniem kary śmierci.