Autoimmunizacja to zaburzenie funkcji układu odpornościowego, który traci zdolność rozróżniania swoich i obcych antygenów. Konsekwencją tego stanu jest skierowanie limfocytów T i przeciwciał do walki z własnymi tkankami i narządami. Prowadzi to do chorób autoimmunizacyjnych, np. celiakii, cukrzycy typu I, choroby Hashimoto czy reumatoidalnego zapalenia stawów. Nie wiadomo jednak do końca, co jest przyczyną tych zaburzeń. Przypuszcza się, że mogą być nimi czynniki genetyczne i środowiskowe, np. dieta i stres.