bg‑gold

Czym są kryształy molekularne?

Kryształy molekularne tworzą osobne zbiory cząsteczek. Co to właściwie oznacza? W kryształach molekularnych zbiory cząsteczek są połączone słabymi oddziaływaniami. Siłami „sklejającymi” cząsteczki w krysztale mogą być siły m.in.:

Przykładem kryształu molekularnego może być siarka. Siarka w temperaturze pokojowej tworzy pierścienie, w których znajduje się osiem atomów siarki (S8). Pierścienie siarki oddziałują ze sobą dzięki siłom Van der Waalsa. Struktury siarki przedstawiono w galerii poniżej.

Jak widać, w komórce elementarnejkomórka elementarnakomórce elementarnej poszczególne pierścienie siarki nie są ze sobą połączone. Tworzą osobne cząsteczki, dlatego siarkę powinno się zapisywać jako cząsteczkę S8. Gdyby siarka tworzyła kryształy kowalencyjne, pierścienie te musiałyby być połączone wiązaniem – tak, jak ma to chociażby miejsce w krysztale diamentu, gdzie wszystkie atomy węgla są ze sobą połączone. Takie same połączenia, jak w krysztale siarki, występują m.in. w fosforze białym P4, w którym fosfor tworzy tetraedrycznetetraedrtetraedryczne cząsteczki P4.

R1Pw0aB9BY6jg
Komórka elementarna fosforu białego
Źródło: GroMar Sp. z o.o., licencja: CC BY-SA 3.0.
1
Ćwiczenie 1

W oparciu o poniższą animację doświadczenia sformułuj problem badawczy i hipotezę. Zapisz obserwacje i wnioski.

R1Rvk2zOgtjGA
Film nawiązujący do treści materiału dotyczącej badania rozpuszczalności siarki w toluenie.
RQGLuK14zXV2l
Problem badawczy (Uzupełnij) Hipoteza (Uzupełnij) Obserwacje (Uzupełnij) Wnioski (Uzupełnij).

Przykładem najprostszego kryształu molekularnego, w którym występują wiązania wodorowe, jest lód, co możesz zobaczyć na poniższych modelach.

W strukturze krystalicznej cząsteczki wody tworzą sieć wiązań wodorowych. Cząsteczka wody jest donorem i akceptorem dwóch wiązań wodorowych. Można zauważyć, że struktura lodu nie jest gęsto upakowana, a odległości między cząsteczkami są dość duże. Dzięki temu woda, przechodząc w stan stały (lód), zwiększa swoją objętość, a podczas topnienia ją zmniejsza.

bg‑gold

Jakie oddziaływania występują w kryształach molekularnych?

Struktury krystaliczne związków organicznych są bardziej skomplikowane w interpretacji. W większości z nich występuje kilka oddziaływań międzycząsteczkowych. Oprócz oddziaływań dyspersyjnych, wiązań wodorowych, możemy wyróżnić takie oddziaływania, jak:

R1STV16SFIjGF
Oddziaływanie π‑π (czyt. pi‑pi) zwane stakingiem między pierścieniami aromatycznymi. Ilustracja przedstawia dwa sześcioczłonowe pierścienie jeden nad drugim – są połączone linią przerywaną. C‑H-π (czyt. ce ha pi) między grupą C‑H a pierścieniem aromatycznym. Ilustracja przedstawia model zbudowany z pięciu połączonych ze sobą kulek. Od jednej z trzech kulek tego samego koloru biegnie linia przerywana w dół do sześcioczłonowego pierścienia aromatycznego.
Źródło: GroMar Sp. z o.o., licencja: CC BY-SA 3.0.

DNA jako kryształ molekularny

Jednym z ważniejszych osiągnięć nauki w XX w. było rozwiązanie struktury krystalicznej DNADNADNA – kryształu molekularnego. Na niżej zamieszczonych zdjęciach zostali ukazani naukowcy, którzy przyczynili się do odkrycia struktury krystalicznej DNA, za co otrzymali Nagrodę Nobla w 1962 r. Warto również wspomnieć o współudziale Rosalindy Franklin w tym odkryciu, autorki rentgenogramu sodowej soli DNA.

DNA – kwas deoksyrybonukleinowy – jest wielkocząsteczkowym związkiem organicznym i pełni rolę nośnika informacji genetycznej. W strukturze DNA możemy m.in. wyróżnić oddziaływania wodorowe – między zasadami azotowymi – czy oddziaływania stakingoweoddziaływanie stakingoweoddziaływania stakingowe między sąsiednimi nukleotydaminukleotydnukleotydami DNA, które dodatkowo stabilizują strukturę.

R18A3BdzB2Hh21
Ilustracja przedstawia nić DNA. Jest zbudowane z dwóch łańcuchów, biegnących antyrównolegle w stosunku do siebie. Łańcuchy skręcają się wokół wspólnej osi, tworząc podwójną, dwuniciową helisę. Pomiędzy nićmi znajdują się zasady azotowe. Są skierowane do wnętrza helisy i ustawione pod kątem prostym w stosunku do jej osi. Zasady położone naprzeciwko siebie tworzą pary komplementarne – adenina łączy się z tyminą dwoma wiązaniami, guanina łączy się z cytozyną trzema wiązaniami. Tymina i cytozyna to zasady pirymidynowe. Adenina i guanina – zasady purynowe. Zasady azotowe są zbudowane z następujących atomów: wodoru, tlenu, azotu, węgla i fosforu.
Helisa DNA jest zbudowana z dwóch nici DNA. Na rysunku zostały ukazane elementy, które są częścią budowy DNA.
Źródło: GroMar Sp. z o.o. (na podstawie wikipedia.org), licencja: CC BY-SA 3.0.

Inne przykłady

Innymi przykładami substancji, które tworzą kryształy molekularne, są gazy szlachetnegazy szlachetnegazy szlachetne: Ne (neon), Ar (argon), cząsteczki dwuatomowe, takie jak H2 (wodór), CO (tlenek węgla(II)), N2 (azot). Jednak najliczniejszą grupą związków, tworzącą kryształy molekularne, są związki organiczne.

Z racji tego, że kryształy molekularne są zbudowane z odrębnych cząsteczek, struktury krystaliczne związków stabilizowane są przez słabsze oddziaływania międzycząsteczkowe. Kryształy molekularne charakteryzuje niska temperatura topnienia. Są to kryształy kruche, które nie przewodzą prądu elektrycznego.

1
Polecenie 1

Jakie rodzaje oddziaływań występują w kryształach molekularnych? Zapoznaj się z poniższymi modelami 3D i udziel odpowiedzi na poniższe pytania.

1
Ćwiczenie 2
R4xSo0WrYKss7
(Uzupełnij).
R71Qw2Vh6O0P1
Ćwiczenie 3
Przelicz odległość pomiędzy nukleotydami w nici DNA z angstrem na nm. Jaki to wynik? Możliwe odpowiedzi: 1. zero przecinek trzy trzy nm, 2. zero przecinek zero zero trzy trzy nm, 3. trzydzieści trzy nm, 4. zero przecinek zero zero zero trzy trzy nm
R1Q5DNKQHPL5X
Ćwiczenie 4
Ile wiązań wodorowych występuje pomiędzy cytozyną a guaniną? Możliwe odpowiedzi: 1. trzy, 2. jeden, 3. dwa, 4. Między cytozyną a guaniną nie ma wiązań wodorowych.
1
Polecenie 2
R1TB71JB8G1G7
Przykładowa mapa
bg‑blue

Notatnik

R17TY7A3VUjRk
(Uzupełnij).
Źródło: Gromar Sp. z o.o., licencja: CC BY-SA 3.0.
siły Van der Waalsa
siły Van der Waalsa

słabe oddziaływania międzycząsteczkowe, związane z kwantową naturą powłok elektronowych, elektrycznie obojętnych atomów lub cząsteczek oraz z ruchem elektronów w cząsteczce

wiązania wodorowe
wiązania wodorowe

rodzaj oddziaływania elektrostatycznego pomiędzy atomem wodoru a atomem pierwiastka elektroujemnego o wolnych parach elektronowych; to oddziaływanie może być międzycząsteczkowe lub wewnątrzcząsteczkowe

komórka elementarna
komórka elementarna

równoległościan, który stanowi podstawowy, powtarzający się okresowo w przestrzeni element sieci przestrzennej; kształt i rozmiary komórki elementarnej określają stałe sieciowe: długości krawędzi: a, b, c, i kąty: α, β, γ między nimi

tetraedr
tetraedr

(gr. tetrakys „czterokrotnie”) czworościan foremny

RR0Vdd9IQTxHh
Źródło: Kjell André, dostępny w internecie: pl.wikipedia.org, licencja: CC BY-SA 3.0.
DNA
DNA

kwas deoksyrybonukleinowy; wielkocząsteczkowy biopolimer obecny we wszystkich komórkach organizmów, w których jest nośnikiem informacji genetycznej

oddziaływanie stakingowe
oddziaływanie stakingowe

oddziaływanie π-π, słabe oddziaływanie chmury elektronowej między pierścieniami aromatycznymi

nukleotyd
nukleotyd

estry nukleozydów i kwasu ortofosforowego(V); w nukleozydach reszta hydroksylowa (OH) części cukrowej jest połączona z cząsteczką kwasu ortofosforowego(V) wiązaniem estrowym; stanowią składniki kwasów nukleinowych (DNA i RNA), niezbędne są też w metabolizmie i przekazywaniu sygnałów w komórce

gazy szlachetne
gazy szlachetne

helowce; pierwiastki chemiczne, które tworzą 18 grupę układu okresowego: hel (He), neon (Ne), argon (Ar), krypton (Kr), ksenon (Xe) i radon (Rn)