W sześciotomowym dziele Wykład z filozofii pozytywnej Comte szczegółowo analizuje różne nauki, bada ich przedmiot i metody. Na czym polega postęp wiedzy? Dla autora Wykładu to tyle, co postęp poznania naukowego w naukach szczegółowych.
Filozof wymienia sześć nauk podstawowych, do których zalicza matematykę, astronomię, fizykę, chemię, fizjologię i biologię oraz socjologię, zwaną fizyką społeczną. Każda nauka wynika z innych, opiera się na wynikach i metodach nauk ją poprzedzających, uszeregowanych m.in. ze względu na narastającą złożoność zjawisk, które obejmują. Tak np. nie byłby możliwy rozwój fizyki bez poprzedzającej jej astronomii, a astronomia bez matematyki, bo ta jest bardziej abstrakcyjna. Jak więc zdobywać wiedzę? Trzeba, według Comte’a, sięgać i studiować metody nauk poprzedzających, by nauczyć się zasad uprawiania nauki. Nie zna się w pełni nauki – pisał – , o ile nie zna się jej dziejów.
Mimo że świat stanowi jedność, to każda nauka wnosi swój odrębny „punkt widzenia”. Comte wydaje się bardziej wnikliwym „teoretykiem nauki” niż wielu scjentystycznych pozytywistów, którzy narzucali jedną metodologię i nie różnicowali nauk. Wprawdzie socjologia miała być nauką pozytywną, ale nie mogła stać się fizyką czy biologią, ponieważ odróżnia ją jej specyfika i wymaga odpowiednich rozwiązań metodologicznych. Comte, co warto podkreślić, uważał, że istnieje jedna metoda naukowa: Każda nauka polega bowiem na koordynowaniu faktów; jeśli różne obserwacje byłyby całkowicie odosobnione, nie byłoby żadnej nauki.
Jeżeli używamy dzisiaj stwierdzeń dotyczących różnych rozwiązań metodologicznych, to w języku Comte’a znaczyłoby to różnych „procedur”. Według jego poglądów w trakcie rozwoju każda nauka rozwija swoją własną technikę czy procedurę.
Warto zwrócić uwagę na brak na liście nauk psychologii, chociaż budziła ona w owym czasie duże zainteresowanie. Dla Comte’a, który opierał się na poglądach innych badaczy, zjawiska psychiczne były wtórne w stosunku do zjawisk fizjologicznych i społecznych, tak więc psychologia nie mogła stanowić odrębnej dziedziny (Saint‑Simone nazywał ją fizjologią społeczną).
Comte’owska teoria nauki zakłada całościowe ujmowanie rzeczywistości. Fakty powinno się rozpatrywać z „całościowego punktu widzenia”, to znaczy w związku z większą całością. Ten całościowy punkt widzenia jest postulatem metodologicznym, z którego wynika projekt jedności i syntezy. Comte całe życie dążył do stworzenia wielkich systemów, łączących w jedno naukę i wiedzę. Filozofia pozytywna z jednej strony miała być systemem uniwersalnym, ale miała mieć też znaczenie praktyczne – stworzyć „nową ludzkość”, miała wyzwolić „potężną rewolucję społeczną”.

Wielka przemiana nie jest możliwa, jak twierdził autor Katechizmu pozytywistycznego, bez systematycznej wiedzy o społeczeństwie, stąd jego zainteresowanie naukami społecznymi. Postulaty dotyczące nauki w ogóle miały oczywiście odzwierciedlenie także w socjologii, której Comte poświęca trzy tomy swojego Wykładu filozofii pozytywnej.
Trzy stadia myśli ludzkiej związane są również z trzema stadiami organizacji społecznej. Stadium teologiczne wiąże się z boskim autorytetem króla, z uprawomocnieniem władzy absolutnej i militarystycznym porządkiem społecznym. Stadium metafizyczne wprowadza abstrakcję prawną jako zasadę rządów, odwołuje się, wychodząc od krytyki systemu monarchistycznego, do suwerenności ludu i nadrzędności prawa. Ostatnia faza, czyli stadium pozytywne, łączy się z rozwojem społeczeństwa przemysłowego, w którym istotną rolę zaczyna odgrywać ekonomia. Następuje krystalizacja elity naukowej (czyli elity pozytywnej), która dzięki wiedzy, umiejętności całościowego uchwycenia rzeczywistości, powołana jest do racjonalnego rządzenia społeczeństwem.
Ten opis trzech stadiów rozwoju Comte wiązał ze swoją filozofią postępu – dynamiką społeczną. Francuski filozof twierdził bowiem, że naukowe ujęcie zagadnień społecznych wiąże się w wyróżnieniu w socjologii: dynamiki społecznej, czyli badanie rozwoju społeczeństw, historycznych przemian, inaczej mówiąc filozofii postępu oraz statyki społecznej, badającej prawa istnienia, zasady budowy społeczeństw. Jeśli prawa dynamiki społecznej odnoszą się do polityki, to prawa statyki społecznej – do moralności.
Czym jest według Comte’a postęp społeczny? W jaki sposób postęp związany jest z porządkiem społecznym? Autor Katechizmu pozytywistycznego sądził, że w socjologii ujętej jako całość (z dynamiką i statyką) postęp należy rozumieć jako stopniowy rozwój porządku i, co istotne, porządek ujawnia się poprzez postęp. Ta wzajemna relacja porządku i postępu była w socjologii Comte’a ważnym elementem. Pokazał on bowiem na przykładzie teorii Platona, ale także i Arystotelesa, że wyizolowana idea porządku prowadzi do teorii utopijnych, nie opierających się na realności i wiedzy. Można np. przedstawiać ideę zorganizowanego społeczeństwa opartego na niewolnictwie, jest to przecież idea porządku, ale nigdy nie będzie to społeczeństwo pokojowe – pozytywne. Jeśli natomiast wyodrębnimy tylko ideę postępu, to powstanie chaos i anarchia. Dlatego socjologia bada i łączy ideę postępu z ideą porządku; porządek społeczny bowiem, według Comte’a, podlega rozwojowi według praw postępu.
Dla przykładu spróbujmy pokazać, jak twórca myśli pozytywistycznej opisał według swojego historycznego ujęcia społeczeństwo średniowiecza. Wiadomo, że uważał katolicyzm za fikcję, za zjawisko historyczne – odrzucał wszelką nadprzyrodzoność. Jednak badając struktury społeczne, pod wpływem idei romantyzujących, gloryfikujących średniowiecze, doszedł do wniosku, że porządek społeczny tego okresu miał wymiar całościowy – łączył ze sobą życie materialne, moralne i polityczne. Katolicyzm wprowadzał więc harmonię tak istotną dla Comte’a, mógł więc mieć znaczenie w jego filozofii postępu, ponieważ jego przydatność dla ładu społecznego jest warta głębokiej uwagi. Comte łączył pojęcie ładu średniowiecznego z analizą stadium rozwoju. Interesowały go elementy integrujące katolickie społeczeństwo średniowieczne. Autor Katechizmu pozytywistycznego podejmuje wartościowanie czynników integrujących (katolicyzm) ze względu na funkcje społeczne. Sprawą bardzo dyskusyjną było, czy to ujęcie należy uznać za naukowe.
Reasumując, warto jeszcze dodać, że według francuskiego filozofa w stadium pozytywnym społeczeństwa świat powinien postępować w kierunku wspólnego dobra. Trzem stopniom działalności ludzkiej: podbojowi, obronie i pracy odpowiadają trzy stopnie aktywności: fikcji, abstrakcji i dowodzenia. Zwróćmy uwagę na związek pracy z dowodzeniem, który to gwarantuje postęp i pokój, harmonię i ład. Stadium pozytywne, charakteryzujące się jednoczącym znaczeniem nauki i przemysłu, prowadzi do wytworzenia przestrzeni otwartej na miłość ludzkości. W społeczeństwie pozytywnym altruizm będzie zwyciężał nad egoizmem, myślenie społeczne nad osobowym, rozwój materialny pozwoli żyć sprawiedliwiej i przyjemniej. Postęp odbywa się ewolucyjnie, każdy etap wynika z poprzedniego i udoskonala zastane. Przyszłość w pewien sposób staje się przewidywalna, jeśli posiada się wiedzę historyczną na temat społeczeństw.
Oczywiste jest, że pozytywista francuski jest przeciwnikiem rewolucji, która próbuje wprowadzić nagłe zaburzenia w ewolucyjny charakter rozwoju.

Zjednoczenie ludzkości, według autora Wykładu, związane jest z rozwojem nauki, prowadzącym do utworzenia elity nauki, tzn. grupy ludzi, która posiada wiedzę. Dzięki posiadanym umiejętnościom jest ona predysponowana do sprawowania rządów mających na celu pokojowy rozwój. Wszelkie różnice, które będą powstawać, mają być, według Comte’a, rozstrzygane za pomocą dyskusji. Można jednak zadać pytanie: dlaczego wzrost wiedzy ma być równoznaczny z rozwojem moralnym, poza tym jakie są empiryczne dowody na to, że społeczeństwo przemysłowe jest bardziej nastawione pokojowo od innych? Autor Systemu pozytywnej polityki był głęboko przekonany, że naukowość oznacza elitarność, że odpowiednia znajomość praw przyrody zapewni sprawne i użyteczne rządy, pozwoli ulepszać ludzkość. Naukowość, jak już powiedziano, to także przewidywalność, a więc cecha niezbędna do skutecznego sprawowania władzy, planowania społecznego.
Comte wskazując organizację społeczną średniowiecza, pokazał, że społeczność tamtego okresu przyjmowała władzę Kościoła jako oczywistą, tak w czasach rozwoju myśli pozytywnej społeczność powinna zgadzać się na władzę ludzi zajmujących się nauką. Nauce nadaje więc wymiar sakralny. Filozof postępu nie przypisywał większego znaczenia demokracji jako woli ludu. To lud – obywatele pozytywistycznego państwa – powinni przyjmować projekty elity uczonych, a więc powinni się jej podporządkować. Także wychowanie powinno leżeć w gestii owej elity.

Comte doszedł do wniosku, że jedność nie tyle da się odnaleźć w przedmiocie poznania, ile w podmiocie. Autor Katechizmu pozytywistycznego pierwszą subiektywną jedność odnalazł w katolicyzmie, ale była to według niego fikcja, nie może bowiem trwać harmonia oparta na osobowym Bogu. Jak sądził, jedności nie da się utrzymać na fikcji, potrzeba wiedzy realnej. Dlatego jedynym podmiotem, na którym można odnaleźć jedność jest ludzkość, będzie ona przedmiotem kultu pozytywistycznego. Ludzkości Comte nadaje atrybuty Boga. Konstrukcja nowej religii oparta była na starym wzorcu, a więc pozytywizm będzie miał własnych świętych (oddanych ludzkości), posągi, świątynie itd.
Budowę społeczną autor Wykładów opierał na rodzinie jako strukturze wychowawczej powiązanej wspólnymi interesami materialnymi. Mężczyzna rządzi, podległa mu kobieta była natomiast ostoją uczuciowości, bez nastawienia egoistycznego. Jednoczącą siłą rodziny miała być, według Comte’a, sympatia. Harmonia rodziny budowana była, w teorii filozofa, na wyrzeczeniu, ofierze i solidarności. A zatem rodzina stawała się pierwszym warunkiem moralnej przemiany i budowy społeczeństwa. Wspominając o religii pozytywistycznej, trzeba zwrócić uwagę na Comte’owską ideę wychowania nowego człowieka. Nie jest on istotą wyzwoloną i zjednoczoną z Bogiem, jak w chrześcijaństwie, lecz wartościowym, „funkcjonalnym” składnikiem Ludzkości, a ta, odkrywszy poprzez zdobycie wiedzy swą wielkość, będzie siebie adorować w imię pokoju i miłości.