Słowo „powstanie” nie pojawia się w powieści Elizy Orzeszkowej, choć jest to jeden z najważniejszych wątków nadniemeńskiej epopei. Zmagająca się z cenzurą Orzeszkowa temat powstania wprowadziła do swojego utworu poprzez szereg aluzji, fragmentaryczne odwołania do przeszłości. Wykorzystanie tej mowy ezopowej Józef Bachórz tłumaczy następująco:

Józef Bachórz

Wstęp

Pisarka wiedziała, że pierwszym w Warszawie czytelnikiem Nad Niemnem będzie cenzor carski. To przymuszało do zastosowania przemyślnego systemu »mowy ezopowej«: peryfraz, synekdoch, metonimii, symboli, niedopowiedzeń, skrótów i alegorii. Sprzyjało też dodatkowo przemilczaniu spraw drażliwych, zwłaszcza tych, nad którymi nie godziłoby się debatować na oczach wroga.

Czytelnik powieści poznaje wątki powstańcze tylko w niewielkim zakresie dzięki zobiektywizowanej narracji odautorskiej. O przygotowaniach do zrywu w 1863 roku opowiadają Marta Korczyńska i Anzelm Bohatyrowicz. Ciotka Justyny nieco ironicznie komentuje „powstańcze braterstwo”:

Eliza Orzeszkowa

Nad Niemnem

Dopóki na świecie gotowało się jak w garnku i ludzie z pozapalanymi na karkach głowami chodzili, dopóty o równości mowa była; obejmowali się, ściskali, bratali, pan chłopa w karecie swojej woził.

Jan Bohatyrowicz w czasie spaceru z Justyną Orzelską wspomina rozstanie z idącym walczyć ojcem. Czas ofiary powstańców był symboliczny – wyszli z domów w maju, odświętnie odziani, „czapki ich karmazynowym kolorem świeciły, a konie pod nimi podnosiły się równo, równo jak przy muzyce.”

Polegli latem – w porze zbioru plonów, ale ich imiona, słowa i zachowania pozostały w pamięci tych, którzy przeżyli. Jednym z haseł powstania było pokonanie barier pomiędzy poszczególnymi klasami społecznymi – obok chłopów szli walczyć panowie. Przedłużeniem tej idei jest powstańcza Mogiła, odwiedzana tak przez mieszkańców zaścianka, jak i szlacheckiego dworu. Legenda powstańcza w Nad Niemnem to jednak nie tylko pamięć o poległych i kultywowanie tradycji. W opinii Marii Żmigrodzkiej powstanie pełni tu rolę „epickiej machiny cudownej”:

Maria Żmigrodzka

Dwie powstańcze legendy Orzeszkowej

Ingeruje ona w losy bohaterów – Andrzejowej Korczyńskiej i Justyny, także za pomocą tradycyjnie stosowanych w epice wizji, snów wróżebnych, zresztą starannie motywowanych racjonalistycznie stanami psychologicznymi postaci, by nie naruszały zbyt jaskrawo realistycznych wymiarów powieściowego świata.

W powstańczej historii tkwią zarodki powieściowych konfliktów, to ona jest punktem odniesienia dla dążeń i decyzji poszczególnych bohaterów. Maria Żmigrodzka, badając konstrukcję Nad Niemnem, pisała:

[...] wtopienie powstańczej przeszłości w świat powieściowy, aktualizacja jej skutków, stworzenie z niej miernika ideowej i moralnej oceny ludzkiego działania jest nie tylko wymowniejszym niż wszystkie poetyckie apoteozy przejawem kultu dla tradycji walki o wolność, ale przede wszystkim głębszego niż w innych utworach pisarki ujęcia historycznej perspektywy opisywanego świata. Dlatego to w Nad Niemnem przeszłość powstańcza służy uzasadnieniu oskarżeń współczesności o tchórzostwo, ciasnotę horyzontów, marnowanie sił społecznych. A z drugiej strony – charakter świata poetyckiego powieści zdaje się sugerować, że zdławienie walki niepodległościowej niczego nie rozwiązało, że nie było decydującym zamknięciem epoki historycznej, lecz zawieszeniem, sztucznym odroczeniem konfliktów.

W Nad Niemnem nie pojawiają się mrzonki o kolejnym zrywie narodowym czy romantyczne wizje mesjanistyczne. Pamięć o powstaniu jest hołdem złożonym tym, którzy interes własny podporządkowali wartościom wspólnym. W nadniemeńskiej epopei umieszcza Orzeszkowa różne typy postaci. Jedni starają się żyć tak, jakby spuścizna 1863 roku ich nie dotyczyła – dogadzają swoim zachciankom, kaprysom, nałogom. Inni – czerpią z powstańczej legendy, starając się zaadaptować idee równości i wspólnotowości do nowych czasów. Nikt jednak nie żartuje z powstańczej legendy, która w nadniemeńskim świecie jest punktem odniesienia wszystkiego, co dzieje się w powieści. Jak twierdzi Józef Bachórz:

[...] decydującą [...] pobudką do ukształtowania legendy „jasnej” sakralizującej rok 1863 i pokrzepiającej czytelnika było przekonanie autorki o tym, że powstanie [...] zwróciło oczy pokoleń »ku dwóm wielkim gwiazdom noszącym imiona Sprawiedliwości i Wolności«. Miało zatem charakter wysiłku na tej drodze, na którą społeczeństwo powinno wejść, jeśli chciało respektować prawa naturalnego rozwoju.