W przypadku płazów z rodzaju Xenopus, formowanie się mezodermy jest procesem dobrze poznanym na poziomie molekularnym. Wiadomo, że w endodermie dochodzi do ekspresji białkowych czynników transkrypcyjnych (VegT). Są one niezbędne do aktywacji genów Xnr w sąsiadującej z endodermą części blastuli. Produkty ekspresji genów Xnr kontrolują z kolei przebieg trzech szlaków rozwojowych, które odpowiedzialne są za formowanie mezodermy i jej dalsze różnicowanie.

Indeks górny Na podstawie: N. R. Cabej, Building the Most Complex Structure on Earth: An Epigenetic Narrative of Development and Evolution of Animals, 2013. Indeks górny koniec^{Na podstawie: N. R. Cabej, Building the Most Complex Structure on Earth: An Epigenetic Narrative of Development and Evolution of Animals, 2013.}

Jednym z zadań ogólnoeuropejskiego projektu MESODERM EVOLUTION było wytypowanie gatunków zwierząt, u których jako pierwszych pojawiły się geny kluczowe w formowaniu mezodermy. Na chwilę obecną wydaje się, że zwierzętami tymi są wirki bezjelitowe. Wyodrębnienie trzeciego listka zarodkowego było bardzo istotne z ewolucyjnego punktu widzenia, ponieważ właśnie z mezodermy powstają: mięśnie, szkielet wewnętrzny i naczynia krwionośne.

Indeks górny Na podstawie: https://cordis.europa.eu/article/id/169815-mesoderm-evolution-for-animal- complexity/pl. Indeks górny koniec^{Na podstawie: https://cordis.europa.eu/article/id/169815-mesoderm-evolution-for-animal- complexity/pl.}

Brachyury to białko ludzkie, kodowane przez gen TBXT. Udowodniono, że fizyczna interakcja białka Brachyury z acetylotransferazą p300 jest niezbędna między innymi w procesie formowania się mezodermy u człowieka. Enzym p300 katalizuje przeniesienie reszty acetylowej na różne białka histonowe, co wpływa na stopień kondensacji chromatyny. Po połączeniu białka Brachyury z p300 kompleks ten przyłącza histon H3 i acetyluje lizynę będącą 27. aminokwasem histonu. Im bardziej skondensowana chromatyna, tym mniej odsłoniętych fragmentów DNA będących miejscem przyłączenia polimerazy RNA i czynników transkrypcyjnych.

Indeks górny Na podstawie: A. Beisaw i wsp., Brachyury directs histone acetylation to target loci during mesoderm development, EMBO Rep., 2018. Indeks górny koniec^{Na podstawie: A. Beisaw i wsp., Brachyury directs histone acetylation to target loci during mesoderm development, EMBO Rep., 2018.}