Symulacja dotyczy modyfikacji potranslacyjnych białka. Czym są modyfikacje potranslacyjne? To zmiany w budowie białka nastepujące po jego translacji. Wpływają one na jego właściwości chemiczne i fizyczne, stabilność i aktywność, a zatem na jego funkcjonowanie. Struktura pierwszorzędowa warunkuje budowę białka, ale nie zawsze umożliwia jego aktywację. Fosforylacja białka. To proces, który polega przyłączeniu reszty fosforanowej do białka. Odbywa się to dzięki enzymom zwanym kinazami, które zużywają energię zgromadzoną w ATP. Fosforylacja białek umożliwia ich aktywację. Na ilustracji jest długi łańcuch zbudowany z szarych, niebieskich, pomarańczowych i żółtych odcinków. Część łańcucha białka zbudowana z żółtych odcinków połączonych z pomarańczowymi odcinkami to odcinek odpowiadający wzorowi: atom fosforu P łączy się z czterech stron z atomami tlenu - u góry wiązaniem podwójnym, a na dole oraz po lewej i prawej stronie z anionami tlenu. Tiolacja białka. To odwracalna, kowalencyjna modyfikacja białek polegająca na utworzeniu mostków disiarczkowych między grupami tiolowymi białek. Modyfikacja ta chroni grupy -SH przed nieodwracalnym utlenianiem i nieodwracalną utratą biologicznej aktywności. Na ilustracji jest łańcuch białka zbudowany z odcinków w kolorach szarym, niebieskim, czerwonym, żółtym. W jednym miejscu pokazano, jak stykają się ze sobą żółte odcinki. To mostek disiarczkowy. Pojawia się zapis: HS, obok którego jest zapis SH, poprowadzono od tych grup linie w dół do linii poziomej, strzałki w dwie strony, obok symbolu S jest linia pozioma do symbolu S - od nich linie w dół do linii poziomej. Glikozylacja białka. Polega na przyłączeniu reszty cukrowej do białka poprzez wiązanie N‑glikozydowe lub wiązanie O‑glikozydowe. N‑glikozylacja polega na przyłączeniu reszty cukru do atomu azotu łańcucha bocznego jednej z reszt aminokwasowych białka, a O‑glikozylacja na przyłączeniu reszty cukru do atomu tlenu łańcucha bocznego jednej z reszt aminokwasowych białka. Na ilustracji jest łańcuch białka zbudowany z odcinków szarych, niebieskich, czerwonych. W jednym miejscu do niebieskiego odcinka przyłącza się wzór chemiczny: od lewej strony jest grupa HO, łączy się wiązaniem pojedynczym z atomem węgla, ten łączy się z kolejnym atomem węgla. Ten u góry wiązaniem w kształcie klina łączy się z grupą OH, a w prawo z atomem węgla połączonym wiązaniem podwójnym z atomem tlenu. Wzór ten zamienia się w kolejny wzór, jest on pionowy: grupa CH łączy się po lewej stronie z grupą hydroksylową, na dole z grupą metylową, która łączy się atomem tlenu, natomiast na górze łączy się z grupą CH połączoną wiązaniem podwójnym z atomem tlenu.